Enebykyrkans verksamhet bedrivs sedan våren 2006 genom den ideella föreningen Kyrkan i Enebyberg. Det är ett ekumeniskt samarbete mellan Enebykyrkan (Svenska Missionskyrkan) och Danderyds församling (Svenska kyrkan).

SMU (Svenska Missionskyrkans Ungdom) och förskolan Enen (Kyrkans förskola) ansvarar för barn- och ungdomsverksamheterna.